Zatiaľčo formálna logika sa zaoberá formálnymi logickými štruktúrami (napr. správnosť, platnosť, konzistentnosť) nezávisle od ich pravdivosti, formálna ontológia sa zaoberá formálnymi ontologickými štruktúrami (napr. teória častí, teória celkov, typmi a jednotlivinami, identitou, vzťahmi, jednotou) t.j formálnymi aspektmi objektov nezávislými na ich špecifickosti.