Aristotelovy vlastní knihy o přírodní filozofii byly oficiálně zakázány. „Nebudou v Paříži čteny veřejně ani v soukromí.“36Zákaz ale dlouho nevydržel. V roce 1231 Řehoř IX. vydal dekret, jenž univerzitě zaručoval nezávislost obsahu studia na biskupovi a do roku 1255 byly všechny Aristotelovy texty zpět na programu studia. Ukázalo se, že ti, kdo se na nich učili nejlépe, nebyli heretici, nýbrž inkvizitoři. (ad Aristoteles)