červenci 1656 ho synagoga v Amsterdamu vyloučila z místní židovské obce, proklela ho a zatratila. Byl to u Židů nevídaný trest a vydán byl zjevně s předpokladem, že provinilec nebude riskovat trvalé vyřazení ze svého společenství a raději uzavře s vedením synagogy smír. Spinoza se ale smířit odmítl. Měl už pro zakotvení vyhlédnuté jiné přístavy. Kvakerští misionáři v Amsterdamu nekontaktovali jeho, on sám se obrátil na ně. Když o něm jeden z nich Margaret Fellové psal, vysvětloval, že Spinoza byl „vyhnán (jak on sám i ostatní říkají), protože neuznával jiného učitele než světlo.“26 Ať tato charakteristika platila, nebo ne, jisté bylo, že Spinozovi po exkomunikaci přátelé ani podpora nechyběli. Spíše než u kvakerů však hledal útočiště u jejich nejbližší holandské (ad Benedictus de Spinoza)