Hoci bol naturalizmus často stotožňovaný s materializmom, má oveľa širší rozsah. Materializmus je skutočne naturalistický, ale opak nemusí nutne platiť. Prísne vzaté, naturalizmus nemá ontologickú preferenciu; t. j. žiadna zaujatosť voči žiadnemu konkrétnemu súboru kategórií reality: dualizmu a monizmu, ateizmu a teizmu, idealizmu a materializmu ` všetky sú s ním kompatibilné. Pokiaľ je celá realita prirodzená, neexistujú žiadne ďalšie obmedzenia. Naturalistii vyvinuli širokú škálu názorov, dokonca sa pustili aj do vypracovania teistického naturalizmu.